如果把上部结构和基础人为地分开，然后各自进行独立分析，其结果的精确度是不可信的，因为对某些结构，由此得到的结构自振周期是实际的几倍，其效应也相差几倍。还有，温差所产生的应力也会相差几倍以上。为了解决上述问题，我们也开发了对上部结构和基础联合在一起作为整体来进行静力和动力分析的软件。 如果只进行静力分析，TowerPeak-3还考虑了筏板基础与地基之间及桩和基础承台之间的接触脱离问题，可对筏板基础与地基之间进行摩擦力模拟，这些都用迭代方法进行逼近。 在进行动力分析和抗震设计时，也把基础纳入一起考虑。上部结构部分的空间节点的选取见第一篇，基础部分的空间节点的选取则以承台与柱、墙肢、连系梁和桩的交点当作主自由度的结点，其余为副自由度结点。分析方法见第一篇相关部分。 在进行施工模拟时，基础也纳入一起考虑，基础和上部结构第一层都作为施工次序1，处理方法见第一篇相关部分。 在建立上部结构（对应的档案：SSD和MSD）和基础结构（对应的档案：IFD和GFD）的模型后，利用档案SFD将两者结合在一起，便可进行上部结构和基础联合分析。 TowerPeak-3（上部结构+地基基础）也已成功通过香港屋宇署审批和认证并获得批文，注册号为S0715（结构分析部分）和S0731（构件设计部分）。